Фамилия Харсеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Харсеев послужило церковное имя Харисий. Харсей – народная форма крестильного имени Харисий, которое в переводе с греческого означает «приятный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харсей, со временем получил фамилию Харсеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Харсеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Харсеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.