Основой фамилии Харсеева послужило церковное имя Харисий. Харсей – народная форма крестильного имени Харисий (другие варианты этого имени - Харисим и Харасим), которое в переводе с греческого означает «приятный». Святым покровителем этого имени является мученик Xарасим, день памяти которого приходится на 4 сентября. Скорее всего, основатель рода Харсеевых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харсей, со временем получил фамилию Харсеева.