Фамилия Хартя — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусскую или позднюю основу. Скорее всего, перед нами фамилия, которая сохранила исходное звучание прозвища или имени без русифицирующего суффикса.

Самая вероятная версия — связь с молдавским или румынским словом «хартя» (hârtie), что значит «бумага». В таком случае фамилия могла быть прозвищем писаря, переписчика документов или человека, имевшего дело с бумагами — например, приказчика или грамотея в среде, где грамотность была редкостью. В пользу этой версии говорит и то, что в Молдавии и на юго-западе Украины (в Бессарабии) фамилия Хартя встречается чаще, чем в центральной России. Фонетически слово «хартя» — это народное произношение литературного «хыртие» (hârtie), с заменой «ы» на «а», что типично для некоторых говоров.

Менее вероятная, но возможная трактовка — от тюркского корня. В татарском и башкирском языках есть слово «хәрт» (харт) — «старый», «старик», а также «уважаемый человек». Суффикс -я мог быть уменьшительным или адаптацией к русскому произношению. Однако эта версия слабее: тюркские фамилии обычно заканчиваются на -ов или -ев, а форма без суффикса — редкость.

Третья гипотеза — греческое происхождение. В греческом «χαρτιά» (хартья) — это множественное число от «χαρτί» (бумага, карта). Но и здесь фамилия скорее всего была бы переделана в Хартидис или Хартопулос.

Фамилия Хартя не входит в списки древних дворянских родов. Её носители — скорее всего, выходцы из крестьянской или мещанской среды, получившие прозвище по роду занятий. Судя по географии, основные корни фамилии — в Молдавии, Приднестровье и Одесской области Украины. В России она встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев с юга.