Фамилия Хлопотенков — редкий пример отчества сразу второй степени, которое сохранило всю цепочку словообразования. Если разобрать её до основания, получится: Хлопотенков — сын Хлопотенко, внук Хлопоты. Такая модель встречается нечасто: обычно фамилии застывают на первом отчестве (Хлопотов или Хлопотин), а здесь мы видим двойное приращение суффикса, что указывает на украинское или южнорусское влияние.

В основе лежит прозвище Хлопота. Оно восходит к глаголу «хлопотать», то есть суетиться, беспокоиться о чём-либо. Но есть и вторая, менее очевидная версия: в древнерусском языке существовало существительное «хлопота» со значением «забота, беда, противный случай». В этом случае имя-оберег давали ребёнку с обратным смыслом: называя его Хлопотой, родители надеялись, что беды и хлопоты обойдут его стороной. Такая практика наречения детей «плохими» именами для защиты от злых духов была широко распространена у славян.

Суффикс -енко в середине фамилии — верный маркер украинского происхождения. На украинских землях патронимы на -енко означали «сын такого-то»: Хлопотенко — буквально «маленький Хлопота», сын Хлопоты. А когда носитель такой фамилии перебрался севернее, в великорусские губернии, местная традиция добавила к ней ещё и русский суффикс -ов. Так и получилась двойная конструкция Хлопотенков, которая выдаёт миграцию предков с Украины или с юга России.

Стоит сказать и о том, что прозвище Хлопота могло закрепиться за человеком не только по характеру. В писцовых книгах и ревизских сказках хлопотами нередко называли людей, которые постоянно вели чужие дела, ходатайствовали за кого-то, били челом по поручению общины. Такой человек был на виду, и его прозвище легко переходило на детей и внуков.

Сама фамилия звучит несколько громоздко, и в бытовом употреблении её часто сокращали. В документах XIX века можно встретить варианты Хлопотенко и Хлопотенков у членов одной семьи — это нормальная практика: писарь фиксировал фамилию так, как её произносил сам носитель, а на юге чаще звучал украинский вариант без конечного -в.

Точное место и время возникновения фамилии без глубоких архивных изысканий не установить. Но сам факт, что она сохранила двойную патронимическую цепочку, говорит о том, что родословная Хлопотенковых уходит корнями в среду малороссийского казачества или украинского крестьянства, которое в XVII–XVIII веках активно переселялось на Дон, в Поволжье и в центральные губернии России.