Фамилия Хлопоткин — одна из тех, что образована от прозвища, но не от имени, а от черты характера или поведения. Основа здесь — слово «хлопот», то есть хлопотун, беспокойный человек, тот, кто постоянно в делах и заботах. В русских говорах «хлопоткой» или «хлопотливый» означало суетливого, деятельного человека, а иногда и того, кто создаёт хлопоты другим. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Хлопоткин, то есть сын, потомок Хлопотки.

Модель образования — типичная для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Суффикс -к- в основе (Хлопотка) — уменьшительный, он смягчает прозвище, придаёт ему бытовой, почти ласкательный оттенок. Сравните с другими фамилиями того же корня: Хлопотов, Хлопотников. Первая — более «официальная», от полного прозвища Хлопот, вторая — от названия профессии (хлопотник — тот, кто занимается хлопотами по хозяйству или службе). Хлопоткин же стоит особняком: он звучит как прозвище человека, которого в деревне или слободе называли Хлопотка — не за ремесло, а за характер.

География фамилии неширокая, но устойчивая. По данным переписей и архивов, Хлопоткины встречаются в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — то есть на Русском Севере, где фамилии на -ин особенно характерны. Встречаются и в центральных регионах, но реже. Это косвенно указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии такого типа редко попадали в родословные книги.

Спорных версий происхождения у Хлопоткина почти нет. Иногда пытаются связать фамилию с диалектным «хлопоты» в значении «склоки, ссоры», но это слабая гипотеза: в северных говорах слово «хлопот» имело скорее нейтральный или даже положительный оттенок — «работящий, заботливый». К тому же суффикс -к- в прозвище обычно смягчает, а не усиливает негатив. Так что пращур Хлопоткиных — это не скандалист, а человек, который вечно в делах, хлопочет по дому или хозяйству.