Фамилия Хлынекова — женская форма фамилии Хлынеков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хлынек, которое образовано с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ек. Корень здесь — «хлын», слово с неоднозначной, но яркой историей.

В русских говорах «хлын» имело несколько значений. Самое распространённое — «плут, мошенник, проныра» или «бездельник, шатун». В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «хлынить» — то есть хитрить, увиливать от работы или шататься без дела. Таким образом, Хлынек — это прозвище человека с определённым складом характера: ловкого, изворотливого или просто ленивого, которого так прозвали в быту. Суффикс -ек смягчал прозвище, делая его более фамильярным, как Ванёк или Петек. Позже от этого прозвища и возникла фамилия Хлынеков, а затем и Хлынекова.

Менее вероятная, но возможная версия связывает корень с диалектным словом «хлын» в значении «хворостина, прут» или даже «хлыст». В этом случае прозвище могло относиться к высокому и худому человеку — «длинный, как хлыст». Однако первое значение встречается в источниках чаще и считается основным.

Фамилия Хлынеков (и Хлынекова) довольно редкая. Географически она тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к Воронежской, Курской и Липецкой областям, где диалекты сохраняли слово «хлын». Встречаются также варианты с ударением на первый слог — Хлынеков, что типично для фамилий с суффиксом -ек, и на второй — Хлынеков, что реже.

По социальному происхождению носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами. Фамилия не дворянская и не купеческая: прозвище с отрицательным оттенком вряд ли дали бы человеку высокого сословия. Суффикс -ов/-ев указывает на «сына Хлынека», то есть на отчество, закрепившееся как фамилия в XVI–XVII веках, когда основная масса русского населения обзаводилась постоянными родовыми именами.