Фамилия Хлынин образована от прозвища Хлыня, которое, скорее всего, связано с глаголом «хлынить». В разных говорах это слово означало «вяло, лениво идти или ехать», «мошенничать, плутовать», а в симбирских говорах — «бродяжничать». Прозвище, таким образом, могло характеризовать человека по манере поведения: либо медлительного и нерасторопного, либо, напротив, склонного к плутовству. Точное значение зависело от того, в какой местности жил предок.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Хлынин — это «сын Хлыни», потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а/-я. Подобным образом возникли, например, фамилии от прозвищ Шуня, Гуня.

Существует и другая, менее правдоподобная версия: прозвище Хлыня мог получить житель села Хлыново. Села с таким названием в XIX веке действительно существовали в Московской и Тульской губерниях. Однако эта гипотеза слабее: она объясняет происхождение лишь для небольшого числа носителей, тогда как глагол «хлынить» даёт естественную и широкую основу для прозвища.

Раннее документальное свидетельство фамилии находим у С. Б. Веселовского: записан Хлынин Иван, крестьянин, 1606 год, Белев. Эта запись ценна тем, что показывает: уже в начале XVII века фамилия бытовала в южнорусских землях, в районе современной Тульской области. Белёв тогда был крепостью на южной окраине Московского государства, и прозвища там нередко отражали житейские наблюдения за человеком.

Итог прост: фамилия Хлынин — потомок прозвища Хлыня, которое, по всей видимости, дали человеку за его неторопливость или, в другом значении, за склонность к обману. Версия о происхождении от названия села Хлыново возможна, но уступает первой в убедительности.