Фамилия Хлынцов по своему происхождению — типичная «отчество в притяжательной форме». Суффикс -ов указывает, что в основе лежит личное имя или прозвище родоначальника: Хлынец. Вопрос в том, что это имя означало.

Самая вероятная версия отсылает к старинному русскому слову «хлын» или «хлынь». В диалектах, особенно южнорусских и рязанских, так называли плута, мошенника, проходимца, а также бродягу или шатуна. Соответственно, Хлынец — человек с таким прозвищем: либо хитрый и нечистый на руку, либо просто непоседа, не сидящий на месте. В этом ряду стоят и фамилии Хлынов, Хлынин, Хлынкин.

Менее распространённая, но возможная трактовка — от глагола «хлынуть» (набежать потоком). В этом случае прозвище могло относиться к человеку порывистому, резкому в движениях или характере.

Стоит отметить, что фамилия Хлынцов встречается в основном в центральных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Владимирской губерниях. В писцовых книгах XVI–XVII веков фиксируются крестьяне и посадские люди с именем Хлынец. Например, в документах по Рязанскому краю упоминается Хлынец Иванов, крестьянин конца XVI столетия. Это говорит о том, что прозвище было не единичным, а бытовало в разных слоях населения.

С точки зрения словообразования, фамилия Хлынцов стоит особняком от более массовых Хлыновых: суффикс -ец (Хлынец) создавал уменьшительную или уничижительную форму, и уже от неё образовалось притяжательное прилагательное. Такая модель — от формы с суффиксом -ец — характерна для фамилий, возникших на стыке XVII–XVIII веков, когда прозвища активно превращались в наследственные имена.