Фамилия Хобенко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко. В XVI–XVIII веках этот суффикс в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок», а со временем закрепился как фамильный. Основа здесь — Хоб, сокращенная форма от имени Хобот или напрямую от прозвища.

Корень «хобот» в древнерусском языке имел два значения: «хвост» и «конец, отросток». Прозвище Хобот давали человеку с заметной деталью во внешности — длинным носом, неуклюжей походкой или, в переносном смысле, тому, кто постоянно «тянулся» за другими, как хвост. Встречается и другая версия: Хобенко могло быть производным от прозвища Хобень — так в южных говорах называли мешок или котомку. Вероятно, предок носителя фамилии был странником, торговцем или просто носил с собой большую сумку.

С географической точки зрения фамилия Хобенко чаще всего встречается на востоке Украины — в Харьковской, Полтавской и Сумской областях. В России она редка и рассеяна, чаще всего в южных регионах, куда в разное время переселялись украинские крестьяне. Сословная принадлежность у этой фамилии невысокая: Хобенки — почти всегда казаки или крестьяне, без дворянских корней.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель Хобенко — одна из многих в ряду: Хоботов, Хоботнев, Хоботков. Но суффикс -енко выдает именно украинскую ветвь, где прозвище быстрее превратилось в фамилию, не успев обрасти дополнительными суффиксами. Это типичный случай, когда фамилия буквально «законсервировала» прозвище предка, жившего, скорее всего, в XVII–XVIII веках.