Фамилия Ходарцова — женская форма фамилии Ходарцов, и её происхождение стоит искать не в очевидном «ходе» или «цене», а в забытом личном имени или прозвище. Основа фамилии — «Ходар» (или «Ходарь»), которое в старину могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Феодор (в народном произношении — Хведор, Ходор). Такой переход звука «ф» в «х» — обычное явление для южнорусских и украинских говоров: Фома превращался в Хома, Фёкла — в Хёкла. Соответственно, Ходар — это народный вариант Фёдора, а Ходарцов — буквально «сын Ходара».

Суффикс «-ов» в основе Ходарцов указывает на типичную русскую модель отчества: «чей сын?» — Ходарцов. Форма на «-ц-» (а не «Ходаров») добавляет оттенок уменьшительности или пренебрежения: Ходарец, то есть «маленький Ходар» или «сын Ходаря». В этом смысле фамилия Ходарцов родственна более частым Ходаревым, Ходаренковым, но сохранила редкий суффиксальный вариант.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к востоку Украины. В этих краях действительно было распространено произношение имени Фёдор как Хведор или Ходор. Встречается фамилия и на Дону, что может указывать на казачье происхождение предков: в казачьей среде охотно использовали уменьшительные прозвища на «-ец», которые затем закреплялись в фамилиях.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с профессией «ходарь» или «ходок». В некоторых диалектах «ходарь» означал посыльного или странника, однако такое значение не зафиксировано в словарях как самостоятельное. Куда надёжнее считать фамилию патронимической, восходящей к имени Фёдор в его народной переработке.