Фамилия Ходоренкова — женская форма от Ходоренков, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Ходор. Это краткая или диалектная форма от Феодор (Фёдор). В южнорусских и украинских говорах начальное «ф» часто заменялось на «х» или «хв»: Хома вместо Фома, Хведор вместо Фёдор. Отсюда Ходор — тот же Фёдор, но в народном произношении. Фамилия построена по типичной восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской традиции означает «сын» или «потомок». Ходоренко — буквально «сын Ходора». Русский суффикс -ов добавился позже, при адаптации фамилии в великорусской среде: Ходоренков — «из рода Ходоренко». Женская форма Ходоренкова закрепилась как фамилия жены или дочери.

Географически фамилия тяготеет к зоне украинско-русского пограничья: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины (Слобожанщина). В этих местах фамилии на -енко и -енков встречаются особенно часто. Интересно, что в переписных книгах XVII–XVIII веков на территории Слободской Украины можно встретить как Ходоренко, так и Ходоренков — одна и та же семья могла писаться по-разному в зависимости от того, кто вёл запись: украинский или русский писарь.

Версия о происхождении от слова «ходор» (диалектное «тряска, дрожь») маловероятна. Такое прозвище могло бы характеризовать походку или поведение, но оно не зафиксировано в ономастических источниках как основа для фамилий. Более убедительной выглядит связь с каноническим именем Феодор, которое через цепочку народных переделок дало множество фамилий: Фёдоров, Хведоров, Ходоров, Ходоренко, Ходоренков. Фамилия Ходоренкова — не редкая, но и не массовая; её носители, скорее всего, потомки крестьян или казаков из южнорусских губерний.