Фамилия Ходотова — женская форма фамилии Ходотов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Ходот. Основа здесь — древнерусское слово «ход» или глагол «ходить», но не в прямом значении «передвижение», а в переносном, характерном для народной речи. В старину «ходотом» могли называть человека подвижного, расторопного, того, кто «ходит ходко», то есть быстро и ловко. Однако есть и другая, более конкретная версия: в северных и сибирских говорах «ходот» означал просителя, ходока по делам, челобитчика. В этом случае прозвище давали человеку, который часто ездил по судам или к начальству с прошениями — своего рода ходатай.

Суффикс -ов в основе Ходотов указывает на типичную русскую патронимическую модель: фамилия образована от имени или прозвища отца. То есть Ходотов — буквально «сын Ходота». Поскольку фамилия зафиксирована в форме с ударением на втором слоге (Ходо́тов), это может говорить о её севернорусском или вологодском происхождении, где такое ударение в фамилиях на -ов встречается чаще, чем в центральных областях.

В отличие от многих фамилий, образованных от канонических крестильных имён, Ходотов стоит в ряду «мирских» прозвищ, которые давались по характеру или роду занятий. Родственные фамилии — Ходов, Ходоков, Ходаков — отличаются суффиксами и оттенками значения. Например, Ходаков может восходить к тюркскому имени Ходак (означающему «богоданный»), но Ходотов явно остаётся в кругу славянской лексики.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна. В XIX веке Ходотовы встречались и среди крестьян (особенно в Архангельской и Вологодской губерниях), и среди купцов, и в духовенстве. Самая известная носительница фамилии в женской форме — актриса МХАТа Елизавета Ходотова (начало XX века), что лишний раз подтверждает: фамилия не была закреплена за одним социальным слоем.