Фамилия Ходже — редкий для России случай, когда фамилия не переделана под русские суффиксы, а сохранила исходную восточную форму. В русском языке она выглядит как несклоняемая, что сразу выдаёт её нерусское происхождение. Основа фамилии — арабское слово «ходжа» (خواجة), которое через тюркские языки пришло в обиход многих народов бывшей Российской империи.

В переводе с арабского «ходжа» означает «господин», «хозяин», «наставник» или «купец». В мусульманском мире этим титулом называли уважаемых людей: богатых торговцев, учителей, религиозных деятелей. В Средней Азии, особенно в Бухаре и Хиве, слово «ходжа» закрепилось как обозначение потомков пророка Мухаммеда (через его дочь Фатиму) или просто как почётный прибавочный элемент к имени. Поэтому фамилия Ходже может указывать на то, что предок носителя был человеком знатного духовного происхождения или состоятельным купцом.

Встречается фамилия в основном у народов, испытавших влияние ислама и тюркской культуры: у татар, башкир, крымских татар, а также у народов Кавказа (особенно у азербайджанцев и кумыков). В русской среде она могла появиться через браки или при переселении народов. Интересно, что в некоторых тюркских языках слово «ходжа» со временем превратилось в фамилию через добавление аффиксов, но вариант Ходже — это, скорее всего, застывшая форма именительного падежа или диалектное произношение.

Сравните с более распространёнными фамилиями-родственниками: Ходжаев, Ходжиев, Ходжашвили — все они образованы от того же корня, но обросли суффиксами, указывающими на принадлежность («сын ходжи»). Фамилия Ходже такой обработки не получила, что делает её своеобразным «ископаемым» — прямым переносом социального титула без изменений. В дореволюционных метрических книгах носители такой фамилии могли записываться как «Ходже» или «Ходжа», что иногда путали с именем.

Поскольку фамилия не имеет русского суффикса, определить сословие предков по ней сложно: титул «ходжа» носили и зажиточные купцы, и бедные муллы. Однако сам факт, что фамилия сохранилась в такой форме, говорит о том, что предки, вероятно, долго жили в среде, где арабский или тюркский язык был основным, и не стремились русифицировать фамилию при переезде.