Фамилия Хохлачева (и её вариант Хохлачёва) образована от прозвища Хохлач — так на Руси называли человека с хохлом, то есть с вихром или непослушным клоком волос. Чаще всего прозвище закреплялось за кудрявым человеком, чья причёска выдавалась вперёд или топорщилась. Но у слова были и другие оттенки смысла: хохлачом могли назвать вспыльчивого, напористого человека, а также того, кто имел привычку хмуриться, сидеть надувшись, съёжившись, сгорбившись — от глагола «хохлиться».

В великорусских землях прозвище Хохлач нередко давали украинцам, переселившимся на север или восток. Это бытовое, а не оскорбительное прозвище указывало на чуб, который носили запорожские казаки. Однако для большинства носителей фамилии версия с внешностью или характером правдоподобнее: прозвища по причёске встречались повсеместно, тогда как этнические прозвища закреплялись лишь в зонах активных контактов с выходцами из Малороссии.

Менее убедительна версия, возводящая прозвище к нарицательному «хохлач» — морскому млекопитающему семейства настоящих тюленей. Вряд ли крестьянин или ремесленник получил бы прозвище в честь зверя, которого никогда не видел; такие названия приживались в поморских и прибрежных районах, но для центральной России они нехарактерны.

Фамилия построена по типичной русской модели: прозвище Хохлач + патронимический суффикс -ев (после шипящих и мягких согласных употреблялся -ев, а не -ов), к которому добавилось окончание -а, указывающее на женскую форму. Первоначально Хохлачева — это «дочь или жена Хохлача», а в дальнейшем форма закрепилась как самостоятельная фамилия.

Однофамильцы и родственные прозвища встречаются в документах с XV века. У С. Б. Веселовского упоминаются Хохлеев Гридя Семенов, писарь, 1490 год, Ростов; князь Юрий Васильевич Хохол Мещерский, середина XVI века; крестьянин Хохленков Василий, 1664 год. Эти примеры показывают, что основа «хохол» и её производные были распространены в разных сословиях — от княжеских родов до крестьянства.

Точное место и время возникновения конкретной ветви рода Хохлачевых можно установить только через генеалогические исследования: фамилии формировались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и в разных регионах один и тот же корень давал самостоятельные, не связанные между собой семьи.