Фамилия Хохлачкин образована от прозвища Хохлач или Хохлачка. В основе лежит слово «хохол» — так в русских говорах называли чуб, вихор, торчащий пучок волос, а также птицу с хохолком на голове, например, чибиса или удода. Прозвище Хохлач могли дать человеку с непослушными, торчащими вверх волосами, либо тому, кто носил высокий чуб. В некоторых регионах «хохлом» называли и запорожских казаков за их характерные прически, но это значение для фамилии Хохлачкин менее вероятно — суффикс -ач указывает скорее на внешнюю черту, а не на этническую принадлежность.

Фамилия построена по типичной восточнославянской модели: от прозвища на -ач (Хохлач) с помощью притяжательного суффикса -ин, который добавляется к основам на -а, -я. Хохлачкин буквально означает «сын Хохлача» или «человек из семьи Хохлача». Интересно, что в русской ономастике фамилии на -ачкин встречаются нечасто: они характерны для северных и центральных областей России, где продуктивен был суффикс -ач, а не -ак или -ок. В южных и украинских землях скорее возникла бы форма Хохлаченко или Хохлачук.

Поскольку фамилия редкая и недворянская, ее носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. В дореволюционных переписях Хохлачкины встречаются в основном в Вятской, Костромской и Пермской губерниях — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись русские крестьяне, в том числе из новгородских земель. Там прозвище Хохлач могло закрепиться за человеком с заметным чубом, а потом перейти в фамилию.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хохлов, Хохленков, Хохлушкин — показывает, что Хохлачкин стоит особняком. Если Хохлов напрямую отсылает к украинцам, а Хохлушкин — к уменьшительной форме, то Хохлачкин сохраняет яркую описательную основу: перед нами не «чей-то потомок», а «тот, кто носит хохол». Такое прозвище могли дать в деревне однозначно и навсегда.