Фамилия Хохликов образована от прозвища Хохлик — уменьшительной формы слова «хохол». Впервые это слово зафиксировано в «Триязычном лексиконе» Поликарпова в 1704 году в значении «украинец, малоросс». Отсюда первая и самая вероятная версия: Хохликом называли сына выходца из Малороссии, которого в округе звали Хохлом. То есть прозвище означало буквально «маленький Хохол» — так могли говорить о младшем в семье или просто о парне, унаследовавшем отцовское прозвище.

Вторая версия отталкивается от внешности. Хохлик — это человек с хохлом, чубом на голове, либо просто лохматый, нечесаный. В переносном смысле прозвище могли дать обидчивому, хмурому типу, который ходит насупившись. Такая трактовка не менее жизненна: прозвища по причёске встречаются сплошь и рядом, вспомнить хотя бы Чуба или Чубова.

Есть и третья гипотеза, но она заметно слабее. В вологодских говорах существовало слово «хохоль» или «хахаль» — любовник, дружок. Если допустить, что Хохлик произошло от него, то прозвище указывало бы на бойкого ухажёра. Однако связь с «хохлом»-украинцем или чубом выглядит естественнее: слово известно и в литературном языке, и в народной речи, а «хахаль» — всё же локальный диалектизм.

Фамилия построена по стандартной русской модели: прозвище Хохлик → отчество Хохликов, то есть «сын Хохлика». Суффикс -ов указывает на принадлежность, и такие фамилии массово закреплялись в XV–XVII веках, когда крестьянские и посадские семьи обзаводились наследственными именованиями. Потомок человека по прозвищу Хохлик со временем и получил фамилию Хохликов.