Фамилия Хохлуфанов — редкий случай, когда в основе лежит не географическое прозвище, а почти наверняка искажённое личное имя. Первое, что бросается в глаза — корень «Хохлуфан». Он не связан с украинцами (в старину «хохол»), хотя такое сближение напрашивается. В русских говорах слова «хохлуша», «хохля» означали неряху, растрёпу, но суффикс «-ан» в фамилиях обычно образует уничижительные или просторечные формы от имён (Иван — Иванушка — Ванька — Ванюфан?).

Скорее всего, перед нами народная переделка крестильного имени. В святцах есть редкое имя Феофан (от греч. «богоявление»). В просторечии оно звучало как Фофан, Хофан, а затем, с добавлением «хохлатого» звучания, превратилось в Хохлуфан. Подобные трансформации типичны: имя Афанасий дало Афоню, а потом и Ахромея. Суффикс «-ов» в конце — стандартный патронимический: Хохлуфанов — «сын Хохлуфана», то есть внук или правнук человека, которого в быту звали Хохлуфаном.

Другая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище от глагола «хохлить» (ерошить, взбивать) плюс «фан» как часть имени (например, Стефан). Тогда Хохлуфан — человек с взлохмаченной головой, которого дразнили, переделывая имя соседа Стефана. Однако первая гипотеза надёжнее: в ономастике известно, что фамилии на «-уфанов» (Матюфанов, Валюфанов) почти всегда восходят к каноническим именам через уменьшительные формы.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где была сильна традиция переделывать церковные имена на крестьянский лад. В дореволюционных переписях носители Хохлуфановых встречались в Тамбовской и Рязанской губерниях — регионах, где фамилии часто фиксировались в позднем, «полуграмотном» варианте.

Сословно предки Хохлуфановых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами. Фамилия не дворянская — в родословных книгах она не отмечена. Её уникальность в том, что она сохранила живую, почти комичную народную этимологию, где церковное имя обросло бытовым «хохлом».