Фамилия Хохлынова — женская форма, а исходная мужская — Хохлынов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хохлын, а тот, в свою очередь, образован от слова «хохол». Только не спешите с выводами: в русских говорах «хохлом» называли не только украинца, но и человека с пышными, торчащими вверх волосами, вихром или хохолком на голове. Прозвище давали по заметной внешней примете — такой же, как у фамилий Вихорев, Чубов или Кудрявцев.

Суффикс -ын- в фамилии Хохлынов встречается реже, чем стандартный -ов или -ин, и указывает на древнюю притяжательную форму: «чей?» — Хохлынов, то есть сын Хохлына. В северных и центральных русских говорах суффикс -ын нередко заменял -ин в фамилиях от прозвищ на твёрдый согласный: ср. Дубровин, но иногда Дубровын, хотя последнее — редкость. В случае с Хохлыновым мы видим именно такую архаичную модель, что может говорить о давнем бытовании фамилии в определённом регионе, возможно, в Поволжье или на Русском Севере, где подобные формы держались дольше.

Вторая, менее вероятная версия: основа могла быть связана с глаголом «хохлить» — хмуриться, быть угрюмым. Тогда Хохлын — угрюмый, насупленный человек. Но внешний признак (хохол на голове) в народной антропонимии встречается гораздо чаще, чем отвлечённая черта характера, поэтому версия с причёской выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, в исторических документах почти не встречается, что характерно для фамилий, возникших в крестьянской среде и не попавших в дворянские родословные книги. Носительницы фамилии Хохлынова могут с высокой вероятностью считать своими предками крестьян или посадских людей из центральной или северной России, получивших фамилию по прозвищу родоначальника — человека с заметным хохлом на голове.