Фамилия Хомишин образована от имени или прозвища Хомиша, а то, в свою очередь, — от крестильного имени Хома. Хома — это народная, украинская и белорусская форма имени Фома (от арамейского «близнец»). В русской традиции закрепилась форма Фома, а в западнорусских землях — Хома. Таким образом, Хомишин — это «сын Хомиши», где суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Сёмин, Ильин. В отличие от более частотных фамилий на -ов/-ев, модель на -ин характерна для основ, оканчивающихся на -а или -я, что и дало Хомишин.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современные Украина и Беларусь, а также южные области России. Встречается она нечасто, что объясняется локальным бытованием формы Хома. Интересно, что в некоторых говорах Хомишей могли прозвать человека с пышными волосами или кудрями — от диалектного «хомяк» (в значении «пышный, мохнатый»), но эта версия менее вероятна, так как основное значение надёжно выводится из канонического имени.

При разборе фамилии стоит заметить, что суффикс -ин в ней не родовой, а притяжательный: Хомишин буквально означал «принадлежащий Хомише». В крестьянской среде такие фамилии часто закреплялись за одним родом, передаваясь от отца к сыну без изменений. Сословной элитарности в ней нет — это типичная семейная прозвищная фамилия, каких тысячи, но с характерным украинско-белорусским фонетическим обликом.

В написании возможны варианты: Хомишин, Хомишын (на Украине через Ы), а также редкая форма Хомишов — если основа переоформлялась под влиянием великорусской традиции. Однако именно вариант с -ин остаётся основным и наиболее точным с точки зрения словообразования.