Фамилия Хомутинникова хранит память о ремесле, которым кормился её первый носитель. В её основе лежит прозвище Хомутинник — так на Руси называли мастера, делавшего хомуты, то есть конскую упряжь. Ремесло было нужным и уважаемым: без хомута не поедешь ни в поле, ни в дорогу, поэтому прозвище закреплялось за человеком прочно и переходило к детям как семейное имя.

Впрочем, у прозвища Хомутинник есть и второе, менее очевидное прочтение. В народной речи хомутинником могли назвать не только умельца, но и человека слабого, болезненного — того, кто «ходит, словно в хомуте», с трудом тянет лямку жизни. Эта версия менее вероятна, но полностью сбрасывать её со счетов не стоит: прозвища часто строились на насмешке или жалостливом наблюдении.

Связывать фамилию с чешским городом Хомутов не приходится — слишком далека эта географическая точка от русских земель, где фамилия бытует. Куда интереснее другое: в труде историка С. Веселовского упоминается однокоренная фамилия Хомутов. Иван Федорович Хомутов умер в 1522 году, а его вотчиной были селения Щелково и Хомутово на реке Клязьме под Москвой. Это прямое свидетельство того, что прозвищный корень «хомут» был в ходу в Московском княжестве уже в XVI веке, причём среди людей служилых и землевладельческих.

Сам суффикс -ник в прозвище Хомутинник указывает на деятеля: подобно тому как бортник занимался бортевым пчеловодством, а конюшник ухаживал за лошадьми, хомутинник был специалистом узкого профиля. Фамилия же Хомутинникова образована по классической русской модели через притяжательный суффикс -ов: Хомутинников сын, внук, потомок. Со временем окончание женского рода закрепилось за супругой и дочерьми, а мужская форма — Хомутинников — осталась за прямыми наследниками по мужской линии.

Потомок человека, носившего прозвище Хомутинник, со временем получил фамилию Хомутинникова. Сегодня она встречается нечасто, но каждый её носитель может с полным правом говорить, что его предок знал толк в лошадиной сбруе или, по крайней мере, носил прозвище, связанное с этим делом.