Фамилия Хомутинников образована от прозвища Хомутинник. В данном случае предок обладателя этой фамилии был мастером по изготовлению конской упряжи, за что и получил прозвище Хомутинник. Исходя из этого, можно предположить, что Хомутинником нарекли человека со слабым здоровьем. Менее вероятной представляется связь фамилии Хомутинников с названием города Хомутов, расположенным в Чехии. Веселовского упоминается однокоренная фамилия: Хомутов Иван Федорович, умер в 1522 г., его вотчина — селения Щелково и Хомутово на реке Клязьме под Москвой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хомутинник, со временем получил фамилию Хомутинников.