Фамилия Хомуткин образована от прозвища Хомуток — уменьшительной формы слова «хомут». В основе лежит конкретная, ремесленная деталь: хомут — часть конской упряжи, кожаное или деревянное кольцо с подкладкой, которое надевают на шею лошади. Прозвище Хомуток мог получить шорник, изготовлявший хомуты, или крестьянин, чья работа была тесно связана с лошадьми, — например, возница или извозчик. Но есть и другая, менее очевидная версия: в народной речи «хомут» иногда употребляли иносказательно, называя так грузного, медлительного человека или того, кто «надел хомут» — попал в зависимость, женился. В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком по поведению или семейному положению.

Суффикс -ин указывает на типичную восточнославянскую модель фамилий, отвечающих на вопрос «чей?»: Хомуткин — сын или потомок Хомутка. Эта модель преобладала в северных и центральных областях России, особенно в новгородских и владимирских землях. Фамилия не относится к числу дворянских или книжных — она бытовая, из крестьянской или посадской среды.

В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные прозвища: в переписных книгах по Вятке и Устюгу записаны Хомутовы и Хомутниковы. Хомуткин — более редкий вариант, с уменьшительной основой. Словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии» относит подобные образования к группе «профессиональных прозвищ», но допускает и бытовую, непрофессиональную мотивацию.

Так что предки Хомуткиных скорее всего были людьми рабочей специальности: шорниками, конюхами, извозчиками. Регионально фамилия тяготеет к северо-востоку Руси — к Вятке, Перми, Костроме. Там, где лошадь была главной тягловой силой, прозвище Хомуток звучало естественно и понятно.