Фамилия Хомуткова — женская форма фамилии Хомутков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Хомуток. В основе лежит слово «хомут» — часть конской упряжи, кожаное или металлическое кольцо с подкладкой, которое надевают на шею лошади для запряжки. Прозвище Хомуток могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — профессиональная: предок мог быть шорником, то есть мастером по изготовлению хомутов и другой сбруи. В крестьянском быту шорник был фигурой заметной и уважаемой, ведь без упряжи не обходилась ни одна лошадь, а значит, и ни одно хозяйство.

Вторая версия, менее очевидная, но не менее правдоподобная, связана с переносным значением слова. «Хомут» в народной речи означало не только деталь упряжи, но и тяжёлую обузу, заботу, а иногда так называли человека, который много работает, «тянет лямку». Прозвище Хомуток могло закрепиться за трудягой, которого постоянно нагружали делами, или, наоборот, за человеком, который сам взваливал на себя чужие проблемы. В редких случаях так могли прозвать человека с короткой и полной шеей — по внешнему сходству с хомутом.

Морфологически фамилия образована по типичной русской модели: от прозвища Хомуток с помощью суффикса -ов-, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Хомутка). Суффикс -к- в основе (Хомуток) — это уменьшительная форма, которая могла смягчать прозвище или указывать на молодого человека, ещё не главу семьи. В говорах встречается и вариант Хомутов — без уменьшительного суффикса, но Хомутков звучит более конкретно, как отсылка к конкретному человеку по прозвищу Хомуток.

Фамилия не из самых частых, но встречается в разных регионах России, особенно в тех, где было развито коневодство и крестьянское хозяйство. В дореволюционных переписях носители фамилии Хомутковы фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает её «ремесленное» происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не известно — она осталась в народной среде, не перейдя в гербовники. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Хомутов, Хомутин, Хомутильников — все они так или иначе связаны с конской упряжью и шорным делом.