Фамилия Хорая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. В русском языке эта фамилия звучит нетипично: у неё нет «русского» суффикса (-ов, -ин, -ский), а окончание -ая указывает на форму женского рода, но в качестве родового имени. Скорее всего, перед нами фамилия, застывшая в форме прилагательного женского рода, что характерно для украинской или южнорусской традиции (сравните: Шевченко, а не Шевченков, или фамилии на -ая у казаков).

Основа «Хор-» ведёт к нескольким корням. Самый прямой — украинское «хорий» (хорый), то есть «больной», «хилый», «худой». Прозвище Хорый могли дать человеку слабого здоровья или невзрачной внешности. От него образовали притяжательное прилагательное «Хорая» — «жена Хорого» или «дочь Хорого». Такая модель (прозвище отца + -ая) типична для западноукраинских и белорусских фамилий, где окончание рода сохранялось как указание на принадлежность к конкретному роду.

Вторая версия, менее вероятная, но не отбрасываемая — топонимическая. В Молдове и на юго-западе Украины есть село Хороешты (Хорэшты), а в Румынии — коммуна Хора (Hora). От названия места жительства могли образовать фамилию Хорая, означающую «пришедшая из Хоры» или «живущая на Хоре». Фамилия могла закрепиться за переселенцами из этих мест.

Третий вариант — от тюркского корня «хор» (хор, хур) в значении «уважаемый», «почётный», но для фамилии с явным славянским окончанием -ая это натяжка. Скорее всего, тюркские корни в данном случае — ложный след.

С географией фамилия Хорая встречается в основном в Украине (особенно в Черновицкой и Винницкой областях) и в приграничных регионах России — на Кубани и в Ростовской области, куда переселялись украинские крестьяне. В центральной России фамилия почти не бытует.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды. Фамилии на -ая без суффикса -ов/-ев часто фиксировали прозвище конкретного человека, а не целого рода, поэтому Хорая могла быть первоначально «уличной» фамилией, которая потом закрепилась официально. Благородных родов с такой фамилией в дворянских родословных книгах не зафиксировано.