Фамилия Хорунжей звучит как отголосок военной истории. В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, она сохранила прямую форму украинского и польского слова «хорунжий» — знаменосец, а в более поздней традиции — казачий чин, примерно соответствовавший прапорщику. Фамилия образована не от имени или прозвища, а от названия должности: сын хорунжего или человек, служивший при знамени, мог получить такое прозвище, которое затем закрепилось за родом.

Суффикс -ей в этой фамилии — не русский, а западнорусский (украинский или польский). В русском языке аналогичная фамилия звучала бы как Хорунжев, но форма Хорунжей говорит о том, что предки жили на территории, где украинская или польская ономастика была сильна: Левобережье, Слобожанщина, Запорожье. Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит такие образования к группе фамилий, возникших из названий должностей в казачьей и шляхетской среде.

Слово «хорунжий» пришло из польского chorąży, а то, в свою очередь, из чешского korouhev — знамя. В Речи Посполитой хорунжий был не просто знаменосцем, а уважаемым чином, часто выборным. В Войске Запорожском хорунжий полка или куреня отвечал за сохранность знамени и командовал небольшим отрядом. Поэтому среди носителей фамилии Хорунжей могли быть как рядовые казаки, так и представители старшины.

Встречается фамилия преимущественно в Украине и в южных регионах России, особенно в Краснодарском крае и Ростовской области — местах, куда переселялись запорожские и черноморские казаки. Встречаются и варианты написания: Хорунжий, Хорунжый, но форма Хорунжей — самая распространённая в русских документах XIX—XX веков.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «хорунжий» бытовало и как прозвище — так могли назвать человека с гордой осанкой или того, кто любил носить яркую одежду, напоминавшую знамя. Но основная версия всё же связана с военно-административной должностью, и фамилия Хорунжей — прямое указание на то, что предок нёс службу при знамени.