Фамилия Хоружей — редкий случай, когда прозвище не обрастало суффиксами, а попало в документы почти в исходном виде. В её основе лежит украинское слово «хоружий» (знаменосец, тот, кто носит хоругвь). В Речи Посполитой хоружий — не просто воин, а выборная должность в казацком войске и шляхетском ополчении: человек, отвечавший за полковое знамя. Позже, в XIX веке, «хоружим» называли урядника в казачьих войсках.

Обычно такие прозвища превращались в фамилии с помощью суффикса -енко (Хоруженко) или -ев (Хоружев). Форма Хоружей — бессуффиксная, она застыла как есть. Это характерно для украинской и белорусской традиции, где прозвища на -ий, -ей легко становились фамилиями без дополнительного оформления: Гладкий, Чернобривый, Хоружей.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу: Гомельская область Беларуси, Черниговщина, Полтавщина. В российских переписях она встречается редко и часто оказывается искажением более распространённой формы Хоружев (при переезде в великорусские губернии окончание могли «обрусить» или записать на слух).

Интересная деталь: в украинском языке ударение в слове «хоружий» падает на второй слог (хору́жий), а фамилия Хоружей чаще произносится с ударением на последний слог — так разговорная речь отделила имя собственное от нарицательного.

Таким образом, предки носителя фамилии Хоружей с высокой вероятностью были запорожскими или реестровыми казаками, либо служилыми людьми на пограничье, чья должность — хранение и ношение полкового знамени — дала им прозвище, перешедшее в фамилию без изменений.