Фамилия Хоружников — редкий случай в русской ономастике, где основа уходит в военную сферу, а суффикс указывает на происхождение от профессии отца через отчество. Корень «хоруж-» восходит к слову «хорунжий» (в старой орфографии — «хоружій»). Так называли знаменосца в казачьих войсках, а позже — первый офицерский чин в казачестве. В русской армии хорунжий соответствовал корнету или прапорщику. Фамилия образована по модели «профессия + -ник + -ов»: сначала от «хорунжий» появилось прозвище или отчество «Хоружник» (то есть сын или слуга хорунжего), а затем к нему добавили типичный русский суффикс -ов, закрепивший фамилию.

Интересно, что суффикс -ник в основе «Хоружник» встречается реже, чем прямое образование «Хорунжев» или «Хоруженко». Он мог указывать на человека, который не сам носил чин, а принадлежал к окружению хорунжего — например, был его помощником, подчинённым или даже крепостным. В южнорусских и украинских землях, где казачество было распространено, фамилии на -ник нередко обозначали ремесленников или служилых людей низшего ранга. Таким образом, предок носителя фамилии Хоружников скорее всего был не офицером, а человеком, связанным с хорунжим по службе или быту.

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Войска Донского и Запорожья: Ростовская область, Краснодарский край, Украина. В центральных и северных губерниях она почти не встречалась, что подтверждает её казачье происхождение. В документах XIX века форма «Хоружников» фиксируется реже, чем украинский вариант «Хоруженко», но в русской среде она прижилась именно с окончанием -ов, подчёркивающим принадлежность к определённому роду.

Вариантов написания в старых метриках можно встретить несколько: «Хоружников», «Хоружниковъ» (с твёрдым знаком на конце), реже — «Хорунжников» с буквой «н» после «ж». Последний вариант более прозрачен по произношению, но исторически сложилась форма без лишней буквы. Сегодня фамилия остаётся малочисленной — её носители в основном сосредоточены на юге России и в восточных областях Украины, что лишний раз напоминает о военно-служилом прошлом предков.