Фамилия Христюшин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, производное от имени Христос. Однако напрямую «Христом» в крестьянской среде не называли: такое прозвище было бы кощунственным. Скорее всего, перед нами форма от уменьшительного имени Христя или Христюша — так в быту могли звать человека, родившегося на Рождество или Крещение, либо получившего имя Христофор (в народе — Христя). Суффикс -юш- указывает на ласкательно-уничижительное образование, а -ин — на принадлежность: Христюшин буквально значит «сын Христюши».

Модель фамилии типична для северных и центральных областей России, где -ин активно вытеснял -ов в фамилиях от имён на -а/-я. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Христюшины в Вятской и Пермской губерниях — регионы, куда ссылали старообрядцев, а среди них были распространены имена с религиозным подтекстом. Возможно, предок носителя фамилии был начётчиком или просто богомольным человеком, за что и получил прозвище.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «христюшка» — так называли нищего, просящего милостыню «Христа ради». В этом случае Христюшин — потомок того, кто кормился подаянием. Но для русской фамильной модели такое объяснение нетипично: прозвища от «Христа ради» чаще давали в южных говорах, а суффикс -ин там встречается реже.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Христофоров, Христофоровский, Христин — показывает, что Христюшин стоит особняком: в нём нет прямой отсылки к полному церковному имени, только к народному переосмыслению. Это типично для фамилий, которые складывались в глубинке, вдали от книжной культуры.