Фамилия Хрункова — женская форма фамилии Хрунков, и её основа та же, что и у мужского варианта. Сразу скажем: это редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности популярных словарей. Однако анализ словообразовательной модели и возможных корней даёт несколько версий, и одна из них — самая правдоподобная.

Суффикс -ов- указывает на классическую русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Значит, в основе лежит слово «Хрун» или «Хрунко». Самое вероятное объяснение — связь с диалектным глаголом «хрунить» или существительным «хрун». В некоторых южнорусских и украинских говорах «хрун» — это боров, кабан, а «хрунить» — похрюкивать, издавать характерные звуки. Прозвище Хрун могли дать человеку с грузной фигурой, громким голосом или сварливым нравом — по аналогии с поведением хряка. Это не оскорбление, а бытовая метафора, типичная для деревенской среды, где животных и их повадки использовали для характеристики людей.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от нецерковного имени Хрун, которое могло быть производным от «хрустеть», «хрупкий» (в значении «ломкий» или «звонкий»). Однако в ономастических источниках такое имя не зафиксировано, поэтому связь с животным-кормильцем выглядит убедительнее. Третья версия — топонимическая: на карте России встречаются хутора и урочища с названием Хруново, например в Воронежской области. Тогда фамилия могла указывать на выходца из такого места, но это скорее исключение: фамилии на -ов от топонимов образуются обычно через суффикс -ский.

Несмотря на редкую основу, фамилия Хрункова — не случайность, а результат естественного процесса: крестьянину, державшему свиней или напоминавшего кабана, дали прозвище, которое закрепилось за его детьми. Социально это однозначно крестьянская фамилия, без дворянских корней, и её география тяготеет к югу России и украинскому пограничью. Встречается она и сегодня, но носителей мало, что делает фамилию скорее реликтом, чем распространённым именованием.