Скорее всего, в основе фамилии Хрунин лежит прозвище Хруня, образованное от слова «хруны» - «истасканная одежда, отрепье, лохмотья, рубище, ветошь» или глагола «хрунить» - «реветь». Следовательно, Хруней могли называть как плаксивого ребенка, так и человека, ходившего в поношенной одежде. Однако не исключено, что Хруня — это краткая форма имен, начинающихся на «Х» и «Хр-»: Харитон, Херимон, Хрисанф, Христиан, Христодул и др. В таком случае основатель рода Хруниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хруня, со временем получил фамилию Хрунин.