Фамилия Хруновы образована от прозвища или нецерковного имени Хрун. Основа — диалектное слово «хрун», которое в разных говорах означало и «хрящ», и «нос, торчащий крючком», и «сварливого, брюзгливого человека». Скорее всего, прозвище дали по внешности — человеку с крупным, горбатым или торчащим носом, напоминающим хрящ. Такие прозвища по частям тела были обычны в русской среде: Нос, Ноздря, Губа, Рот, и Хрун стоит в том же ряду.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Хрун, указав на принадлежность — «сын Хруна» или «из семьи Хруна». Фамилия закрепилась в форме множественного числа Хруновы, что характерно для обозначения целого рода или семьи в документах. Вариант с окончанием -ы вместо -ы (Хруновы, а не Хруновы) не меняет смысла, это лишь грамматическая форма, принятая в официальных записях.

Встречается фамилия в центральных и южных областях России, особенно в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях, где диалектное слово «хрун» было в ходу. Предки Хруновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвище бытовое, не связанное с ремеслом или должностью. В дореволюционных переписях Хруновы не относятся к дворянским родам, фамилия не попала в «Бархатную книгу» или списки служилого сословия.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Хрущёв, Хрунов, Хрунин — показывает, что все они идут от одного корня «хрущ/хрун», но с разными суффиксами. Хрущёв, например, мог означать «жук-хрущ» или «человек с хрустящим голосом», а Хрунов — именно «носатый». Это редкий случай, когда прозвище по носу дало целое гнездо фамилий, что подтверждает его живую употребительность в народной речи.