Фамилия Хрунева — женская форма фамилии Хрунев, и её ключ к происхождению лежит в основе, которая на первый взгляд кажется простой, но таит в себе несколько возможных путей. Модель образования классическая: суффикс -ев присоединился к личному имени или прозвищу, оканчивающемуся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — «Хрунь» или «Хрун».

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «хрун». В русских говорах, особенно южных и западных, «хруном» называли хряка, кабана-производителя, а также вообще свинью. Прозвище Хрун могли дать человеку за внешнее сходство (полнота, крупное телосложение, грубоватые черты), за особенности характера (упрямство, неопрятность) или за занятие — например, крестьянину, который держал много свиней или работал со свиньями. Такие прозвища от названий домашних животных были в ходу на Руси и давались без уничижительного оттенка, скорее как бытовая характеристика.

Вторая, менее очевидная версия — от канонического имени Харитон. В народном произношении имя Харитон нередко сокращали до форм Харя, Хруня, Хрун. Если это так, то Хрунев — это вариант фамилии Харитонов, образованный через обиходное имя. В пользу этой версии говорит то, что в некоторых регионах (например, в Рязанской и Тамбовской губерниях) имя Харитон действительно звучало как Хрун, а фамилии на -ев от таких форм фиксировались в документах.

Третья версия, самая редкая, но возможная — от слова «хрун» в значении «хруст», «шум». В некоторых говорах «хрунеть» означало хрустеть, издавать треск. Прозвище Хрун могли дать человеку с громким голосом, тяжёлой походкой или тому, кто работал с ломким материалом (например, костолому или столяру). Однако эта гипотеза слабее остальных, так как не имеет широкого диалектного подтверждения.

Фамилия Хрунева (и Хрунев) встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Найти её можно в документах по Тульской, Орловской и Курской областям, где диалектное слово «хрун» было в ходу. Также небольшой след фамилии обнаруживается в казачьей среде на Дону. В списках однодворцев (особого сословия, сочетавшего черты крестьян и мелких помещиков) XVIII–XIX веков фамилия Хрунев изредка встречается, что указывает на возможное происхождение носителей из этой служилой группы.

Таким образом, корень фамилии Хрунева — в прозвище, данном по реальной черте человека или его занятию, и лишь с меньшей вероятностью — в разговорной форме церковного имени.