Фамилия Хрунова принадлежит к числу древних русских родовых именований, образованных от прозвища или личного имени предка. Вопрос о происхождении основы «Хрун» не имеет однозначного ответа, и ономасты предлагают несколько версий, каждая из которых по-своему объясняет, кем мог быть основатель рода.

Наиболее распространенная гипотеза связывает прозвище Хрун с диалектным словом «хруны». В некоторых говорах так называли истасканную одежду, отрепье, лохмотья, рубище, ветошь. Следовательно, Хруном могли прозвать человека, который ходил в поношенной, изношенной одежде. Вторая версия отталкивается от глагола «хрунить», то есть «реветь». В таком случае прозвище Хрун могло закрепиться за плаксивым ребенком или взрослым, склонным к слезам. Обе трактовки укладываются в традицию давать прозвища по внешним признакам или особенностям поведения.

Существует и третья, не менее правдоподобная версия. Хрун может быть краткой, обиходной формой крестильных имен, начинающихся на «Х» или «Хр-»: Харитон, Хрисанф, Христиан, Христодул, Херимон. В быту громоздкие церковные имена часто сокращали до одного-двух слогов, и Хрун вполне мог быть таким «домашним» вариантом. Если придерживаться этой версии, основатель рода Хруновых был человеком простого сословия, носившим в миру сокращенное имя, которое затем закрепилось за его потомками в качестве фамилии.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с помощью притяжательного суффикса -ов-. Изначально форма Хрунов означала «сын Хруна», то есть указывала на прямого родоначальника. Женская форма Хрунова — это, соответственно, принадлежность к роду Хруновых, и в современном употреблении она не меняется по родам.

Сведения о представителях этой фамилии встречаются в архивных документах. Например, в Москве записан студент-медик 3-го Московского государственного университета Хрунов Иван Михайлович, который родился в Ярославской губернии. Эта запись показывает, что фамилия бытовала в центральных русских областях и не была привязана к какому-то одному региону.

Наибольшую известность фамилии принес Герой Советского Союза Евгений Васильевич Хрунов (1933–2000). В 1969 году он совершил космический полет в качестве инженера-исследователя на корабле «Союз-5» продолжительностью 1 сутки 23 часа 45 минут. В ходе этого полета впервые в мире была выполнена стыковка двух пилотируемых кораблей — «Союз-4» и «Союз-5». Звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» ему присвоили 22 января 1969 года за успешное осуществление полета и проявленные мужество и героизм.

Таким образом, фамилия Хрунова соединяет в себе пласт народной диалектной лексики, возможную связь с церковными именами и вполне конкретную историческую биографию, которой может гордиться любой носитель этой фамилии.