Фамилия Хрунин, как и многие русские родовые имена, образовалась от личного прозвища. В её основе, скорее всего, лежит прозвище Хруня, которое имело два независимых значения. Первое отсылает к слову «хруны» — так в старину называли истасканную одежду, отрепье, лохмотья или рубище. Второе — к глаголу «хрунить», то есть «реветь». Поэтому Хруней могли прозвать и плаксивого ребёнка, и человека, который ходил в поношенной ветхой одежде. Оба прозвища носили ярко выраженный бытовой характер и давались односельчанами с долей насмешки или жалости.

Однако у этой фамилии есть и другая, не менее правдоподобная версия происхождения. Хруня могло быть краткой, уменьшительной формой крестильных имён, начинающихся на «Х» или «Хр-»: Харитон, Хрисанф, Христиан, Христодул и даже Херимон. В народной среде такие длинные и непривычные для слуха имена часто сокращали до простых и звучных прозвищ. Если следовать этой версии, то основатель рода Хруниных был крещёным человеком из простого сословия, а его потомки получили фамилию по имени предка.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Хрунин означает «сын Хруни» или «человек из семьи Хруни». Такая словообразовательная модель — одна из самых древних и распространённых в русской ономастике, она встречается у фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Сказать точно, где и когда именно возникла фамилия Хрунин, сегодня сложно: процесс формирования родовых имён на Руси растянулся на несколько столетий. Но сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что предки носителей этой фамилии были людьми заметными в своей округе. При этом она остаётся не просто семейным именем, а памятником живой славянской речи, в которой нашли отражение и народный юмор, и церковная традиция.