Фамилия Хрунов — из тех, что образованы от прозвища, и её корень почти наверняка связан с хрупкостью или ветхостью. Основа — «хрун» — в русских говорах имела несколько значений, но все они крутятся вокруг одного смыслового центра: нечто непрочное, ломкое, трухлявое. Хруном в диалектах называли хворост, сухой валежник, а иногда — старую, рассыпающуюся вещь. Человек с таким прозвищем мог получить его за худобу, слабое здоровье или, наоборот, за ворчливый, «скрипучий» нрав.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Хрунов — буквально «сын Хруна». Фамилия закрепилась в центральных и южнорусских областях, где слово «хрун» было в ходу. Встречается она и в рязанских, и в воронежских говорах, что подтверждает её народное, а не книжное происхождение.

Интересно, что у фамилии есть почти омонимичный, но совершенно другой по смыслу вариант — Хрулёв. Там корень, скорее всего, связан с «хруль» (свинья, поросёнок) или с глаголом «хрулить» (хитрить, изворачиваться). Хрунов же от этого ряда отстоит — его основа прозрачнее и грубее, без зооморфной или лукавой подоплёки.

Встречается и редкая параллельная форма — Хрунихин, образованная уже от женского прозвища Хруниха (жена Хруна). Но сам Хрунов остаётся более частым и прямым: прозвище отца перешло к детям в самой простой, «отческой» форме. Никакого татарского или иноязычного следа здесь нет — чисто русская диалектная фамилия, которая говорит о внешности или характере предка больше, чем иная длинная родословная.