Фамилия Хусейни — яркий пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую и кавказскую языковую среду, закрепилось в виде родового прозвания. В её основе лежит арабское личное имя Хусейн — уменьшительная форма от Хасан, что означает «хороший», «добрый», «красивый». В исламской традиции Хусейн — имя внука пророка Мухаммеда, поэтому оно широко распространено у мусульманских народов и несёт высокий религиозный престиж.

Формант -и на конце — это арабский суффикс относительных прилагательных (нисба), который в тюркских и иранских языках часто переходит в фамилию. В буквальном смысле Хусейни означает «принадлежащий к Хусейну», «из рода Хусейна». Такую фамилию могли получить потомки человека по имени Хусейн, либо люди, считавшие себя связанными с родом пророка (сеиды). На Кавказе, особенно в Дагестане, фамилии с таким окончанием (Хусейни, Ахмеди, Магомеди) — устойчивая модель, указывающая на происхождение от конкретного предка.

Основной ареал фамилии сегодня — Иран, Афганистан, Пакистан, а на территории бывшего СССР — республики Северного Кавказа, в первую очередь Дагестан и Чечня. Встречается она и у таджиков. Среди носителей много потомков духовных лиц, а также людей, чьи предки вели родословную от арабских переселенцев. В русской среде фамилия редка и обычно указывает на недавнее миграционное прошлое семьи.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, Хусейни не склоняется по падежам в мужском роде по правилам русского языка, что нередко создаёт путаницу при заполнении документов. С точки зрения словообразования это «живая» нисба, не обросшая славянскими суффиксами, — и именно эта особенность выдает её восточное, а не русифицированное происхождение.