Фамилия Хуснутдинов образована от мужского имени Хуснутдин — диалектного варианта арабского имени Хуснуддин, которое переводится на русский язык как «красота религии» или «добродетельность». Родители, называя так сына, желали ему стать достойным мусульманином, чья вера была бы чистой и прекрасной. Встречаются и другие диалектные формы этого имени — Хусни, Хуснук.

Само имя Хуснуддин составное: первая часть восходит к арабскому корню со значением «красота, добро, добродетель», вторая — «вера, религия». Подобная модель именослова, где к основе добавляется «-ддин» (религия), распространена у многих народов, исповедующих ислам. Чередование звуков «д» и «т» в конце основы — результат исторических фонетических процессов, которые происходили при адаптации арабского имени в тюркской языковой среде.

Фамилия построена по стандартной для русской ономастики модели: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс «-ов». Так что Хуснутдинов буквально означает «сын Хуснутдина». Эта фамилия типична для татар, башкир и других тюркоязычных народов, исторически проживающих на территории Поволжья и Урала, где ислам распространился ещё в домонгольский период.

Хотя письменные источники фиксируют фамилию в основном с XIX века, сами имена, от которых она произошла, бытовали в этих краях веками. Книги памяти разных республик сохранили имена людей, носивших эту фамилию. Так, в Книге памяти Республики Мордовия записан Хуснутдинов Абдул-Фатшах Хуснутдинович, родившийся в 1896 году в Высокогорском районе Татарской АССР. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминается Хуснутдинов Зайнигатдин Камалетдинович (р. 1888) из деревни Иштуганово Юмагузинского района БАССР. В Книге памяти Республики Татарстан — Хуснутдинов Низамутдин (р. 1871), проживавший в селе Индырчи Апастовского района. Эти записи показывают, что фамилия была распространена в сельской местности, а её носители принадлежали к крестьянскому сословию.

Интересно, что от той же основы образован целый ряд родственных фамилий, различающихся лишь огласовкой или суффиксом: Хуснуллин, Хуснутдинов, Хусниев. Такое разнообразие отражает живые диалектные особенности произношения и записи имени в разных регионах.