Фамилия Кидаанов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, иноязычное прозвище или топоним. На слух она кажется неестественной для русского уха из-за двойного «а» в корне, но именно это и даёт ключ к разгадке.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов: Кидаан + -ов = «сын/потомок Кидаана». Само прозвище Кидаан — почти наверняка тюркского происхождения. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) встречается слово «кида» или «кидэ», означающее «маленький», «младший», «детёныш». С аффиксом -ан, который в тюркских языках часто образует имена и прозвища (сравните: Тура-н, Алпау-т), Кидаан могло значить «младшенький» или «малыш». Такое прозвище могли дать младшему сыну в семье или человеку невысокого роста.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с этнонимом «кидани» (или «кидане») — кочевым народом, создавшим империю Ляо на севере Китая. В древнерусских летописях их называли «кидане». Тогда Кидаанов — потомок выходца из этого племени или человека, которого прозвали Киданом за смуглую внешность или воинственный нрав. Однако эта версия слабее: фамилии от этнонимов обычно образуются через суффикс -ский (Киданский), а не -ов, и массового заимствования слова «кидань» в русские прозвища не зафиксировано.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: вероятно, прозвище дали одному человеку или одной семье в конкретной деревне, и фамилия не разошлась широко. Сословно предки Кидаановых, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — в дворянские роды с такой основой не попадали.

Двойное «а» в корне — позднее явление. В документах XIX века фамилия могла писаться как Киданов (с одним «а»), а двойное закрепилось из-за ударения на последний слог: Кидаа́нов. В устной речи второй гласный тянется, и на письме это стали фиксировать, чтобы отличить от фамилии Киданов (от имени Кидан). Так что современное написание — не ошибка, а результат фонетического развития.