Фамилия Кикин образована от прозвища Кика, и в этом разборе сталкиваются две непохожие версии. Первая ведет к глаголу «кикать» — «кричать (о птице)». Прозвище Кика могли дать вдове или очень несчастному, обездоленному, больному человеку — тому, чей голос звучал жалобно и одиноко. Вторая версия отталкивается от слова «кика» — старинного головного убора замужней женщины в южных областях России: высокого колпака из проклеенного холста, который сверху покрывали «сорокой». Исходя из этого, прозвище Кика мог получить ребенок, которого воспитывала одна мать — без отца, «под кикой».

Обе гипотезы правдоподобны, но вторая интереснее с точки зрения бытовой логики: прозвище по головному убору давали не столько женщине, сколько её ребенку или мужу, чтобы подчеркнуть семейное положение. В любом случае, потомок человека по прозвищу Кика со временем стал Кикиным.

С точки зрения словообразования, фамилия типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — «Кикин сын»), а основа на -а — на древность прозвища. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, и её редкий корень сразу выделяет носителя среди соседей с фамилиями на -ов.