Фамилия Киков происходит от личного прозвища Кик или Кика. Вокруг его происхождения сложилось две основные версии, и обе они связаны с бытом и социальным положением человека.

Первая версия отталкивается от глагола «кикать» — так в старину говорили о крике птицы. Однако в переносном смысле прозвище Кик могли дать человеку, который постоянно жаловался, плакал или находился в бедственном положении. По этой логике, Киком называли вдову, сироту или очень несчастного, обездоленного, больного человека — того, кто «кикал», то есть издавал жалобные звуки.

Вторая версия связывает прозвище со словом «кика» — старинным головным убором замужней женщины. В южных областях России кика представляла собой высокий колпак из проклеенного холста, который сверху покрывали «сорокой» (особой накидкой). Поскольку кика была исключительно женским атрибутом, прозвище Кика мог получить ребенок, которого воспитывала одна мать, без отца. Такое прозвище становилось указанием на семейное положение или на то, что мальчик рос без мужского воспитания.

В любом случае, прозвище ложилось на имя человека, а его дети и внуки уже носили отчество в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Киков. Со временем эта форма закрепилась как фамилия. Фамилия Киков — довольно редкая, её сложно спутать с более распространёнными Кирилловыми или Кузнецовыми, и она явно указывает на прозвищное происхождение, а не на крестильное имя.