Фамилия Кикинев — одна из тех, где корень почти наверняка прозвищный, а не крестильный. В её основе лежит слово «кика» или «кик» — в русских говорах так называли хохол, чуб, вихор или пучок волос, торчащий вверх. Отсюда и «кикинец» — человек с таким заметным, взлохмаченным чубом. Прозвище давали по внешней примете, и оно легко закреплялось, потому что было наглядным.

Модель образования проста: прозвище Кикиня (или Кикин) плюс суффикс принадлежности -ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или ц. Фамилия могла возникнуть в среде, где прозвища на -ыня, -иня были распространены, например в северных и центральных областях России. Встречается также вариант Кикин — он образован по той же модели, но от основы Кика.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским словом «кик» в значении «упрямый» или «крепкий». Однако для русской фамилии такая основа нетипична, и без документальных подтверждений (например, указания на родство с тюркскими народами) эта гипотеза остаётся лишь предположением. Гораздо надёжнее опираться на славянскую прозвищную традицию.

В дореволюционных списках фамилия не была широко распространена и встречалась в основном в крестьянской и мещанской среде. Примечательно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Кики́нев, что отличает её от похожей фамилии Кики́н, где ударение может быть на первом или втором слоге в зависимости от региона. Таким образом, Кикинев — прозвищная фамилия, которая прямо говорит о внешности предка: человека с заметным, торчащим чубом.