Фамилия Кирилин образована от крестильного имени Кирилл, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. Греческое имя «Кюриллос» означало «маленький господин» или «господский», а в древнегреческой культуре так называли ребёнка знатного происхождения. В русской традиции имя Кирилл стало одним из самых распространённых календарных имён, и от него возникло множество фамилий-«отчеств»: Кириллов, Кириленко, Кирильченко, Кирилин.

Фамилия Кирилин относится к так называемым «патронимическим» — то есть указывающим на отца. Если у отца было имя Кирилл, то его сына в быту называли «Кирилин сын», а со временем это прозвище закрепилось за всей семьёй. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: чей? — Кирилин, то есть сын Кирилла.

Стоит обратить внимание на то, что фамилия Кирилин встречается реже, чем распространённая Кириллов. Это связано с тем, что в некоторых говорах и при формировании документов в XVII–XIX веках предпочитали именно форму с суффиксом -ин, особенно если имя отца оканчивалось на -а или -я. Кирилл в разговорной речи иногда произносили как «Кирила», отсюда и возникла модель Кирилин. По данным исторических источников, фамилия Кирилин фиксируется в документах начиная с XVI века в центральных и северных уездах России.

Вероятно, предки современных носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин в массе своей принадлежали недворянским сословиям, хотя отдельные ветви могли получить дворянство за службу. Если отталкиваться от значения имени-основы, то «маленький господин» — это не указание на реальный социальный статус, а скорее христианская традиция, где имя давали в честь святого, а не по сословному положению семьи.