Фамилия Кирилинский — редкий пример, где за основу взято имя, а суффикс указывает на географическое происхождение. В отличие от распространённых Кирилловых (сын Кирилла) или Кирилкиных (потомок Кирилки), окончание -ский в этой фамилии типично для дворянских или польских фамилий, но в народной среде могло означать «выходец из места, названного Кирилино». Скорее всего, предок носителя получил прозвище по названию деревни или усадьбы Кирилино (или Кирилинки) — такие топонимы встречаются в центральной России, особенно в бывших Рязанской и Тульской губерниях.

Корень фамилии — каноническое имя Кирилл (от греческого «kyrios» — господь, владыка). Суффикс -ин- указывает на принадлежность: Кирилин — «сын Кирилла». Затем к этой основе добавили -ский, что по правилам русской ономастики превращало фамилию в «фамилию по месту». То есть Кирилинский — это не просто потомок Кирилла, а человек, чьи предки переселились из деревни, где жили Кирилины, или владели землёй, названной в честь первого поселенца Кирилла.

Версия о прямом польском происхождении (от шляхетской фамилии Kiryliński) менее вероятна, но не исключена: в Речи Посполитой фамилии на -ский массово образовывали от названий имений. Однако в русских губерниях такие фамилии часто получали священники или выходцы из духовного сословия, менявшие фамилию при поступлении в семинарию. Кирилинский могла дать семинария по месту рождения — селу Кирилино.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным современных справочников, Кирилинские компактно проживают в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о переселенцах из центральных областей в XVII–XVIII веках. Написание двойное «и» в корне (Кирилл — Кирилинский) сохраняет книжную норму, в отличие от просторечного Кириловский.