Фамилия Кирилины (в документальной форме — Кирилин) образована от крестильного имени Кирилл. Имя это греческое, от kyrios — «господин», и в уменьшительной форме означает «маленький господин» или «господский». В русскую традицию оно вошло вместе с христианством и было широко распространено во всех сословиях, поэтому фамилия не указывает на конкретное ремесло или прозвище предка, а лишь называет его по отцу: Кирилин — это «сын Кирилла».

Модель образования проста: к основе имени (Кирилл-) добавляется притяжательный суффикс -ин, характерный для русских фамилий, образованных от слов мужского рода на -а/-я или от имён с конечным мягким согласным. По той же модели возникли фамилии Ильин, Никитин, Фомин. В говорах, где имя Кирилл произносили как «Кирила», фамилия могла закрепиться в форме Кирилин, а не, скажем, Кириллов. Вариант Кирилины — это форма множественного числа, которая в русской традиции обозначала весь род или семью: «дом Кирилиных».

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, с XV по XVII век, и в разных регионах с разной скоростью. Однако можно предположить, что фамилия Кирилин чаще встречалась в северных и центральных областях России, где имя Кирилл было особенно популярно благодаря почитанию святых Кирилла Белозерского и Кирилла Радонежского. В южных и западных регионах, где больше влияла украинская и белорусская традиция, предпочитали форму Кириленко или Кирилович.

В отличие от фамилий, указывающих на занятие (Кузнецов, Плотников), Кирилин — чисто патронимическая фамилия, и её носитель не обязательно имел предка с каким-то особым статусом. Это делает её «демократичной»: среди Кирилиных могли быть и крестьяне, и священники, и купцы. Единственная ономастическая тонкость: в некоторых говорах имя Кирилл звучало как «Кирила», и фамилия могла записываться через одно «л» — Кирилин, что со временем и закрепилось в официальных документах.