Мужское крестильное имя Кирилл в переводе с греческого означает «маленький господин». В основу фамилии легла производная форма имени - Кирилко. Скорее всего, основатель рода Кирилковых был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кирилко, со временем получил фамилию Кирилкова.