Фамилия Кирилы — редкий случай, когда перед нами не просто фамилия, а её форма, застывшая в родительном или именительном падеже множественного числа. В русской ономастике фамилии на -ых, -их (типа Седых, Долгих) фиксируют принадлежность к роду: «из дома Кирил» или «Кирилы» как прозвание целой семьи. Но здесь окончание -ы, а не -ых, что сразу настораживает. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская модель: фамилия Кирилы — это форма множественного числа от имени Кирило (Кирилл), то есть «Кирилы» как «семья или потомки Кирила». В украинском языке фамилии на -ы (Ковалы, Шевченкы) встречаются, но в русской традиции такое оформление — редкость, чаще это калька с польского или западнорусского.

Основа фамилии — каноническое имя Кирилл (греч. «маленький господин», от κύριος — господин). В народной среде имя бытовало в форме Кирило, что и дало прозвище или прямое именование главы семьи. Если фамилия возникла в русском контексте, то она могла быть записана как Кирилы в значении «Кирилловы» — но с утратой суффикса -ов- под влиянием местного говора или канцелярской ошибки. В некоторых северных и сибирских говорах фамилии на -ы встречаются как вариант притяжательной формы: «чей? — Кирилы», то есть «сын Кирилы».

Географически фамилия тяготеет к западу России и Украине. В переписных книгах XVII века на Слобожанщине и в Черниговской губернии фиксируются крестьяне и казаки с прозванием «Кирило», но фамилия Кирилы в документах почти не попадается — это говорит о её локальном, возможно, единичном происхождении. Не исключено, что это не фамилия в привычном смысле, а родовое прозвище, которое позже закрепилось за потомками в одном селе или хуторе.

Что касается сословной принадлежности, то носители такой фамилии — скорее всего, крестьяне или однодворцы. Дворянские роды с окончанием -ы в русской традиции не характерны, а вот в среде казачества или мещанства западнорусских земель такие фамилии встречались. Споров о происхождении фамилии Кирилы нет: все версии сходятся на имени Кирилл, разница лишь в том, считать ли её украинской формой множественного числа или русским диалектным вариантом. Первая версия правдоподобнее, так как именно в украинской антропонимии фамилии на -ы без дополнительных суффиксов — обычное дело.