Фамилия Киришко — яркий пример южнорусского и украинского типа фамилий, образованных с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ко. Эта модель была особенно распространена на территории современной Украины, в Беларуси и в южных областях России (Курская, Воронежская, Ростовская области, Кубань). Суффикс -ко в XVI–XVIII веках часто присоединялся к именам и прозвищам, придавая им оттенок «младшего», «сына» или просто уменьшительности, и со временем закрепился в качестве фамильного.

Основа фамилии — Кириш — это народная, разговорная форма крестильного имени Кирилл. В быту имя Кирилл часто сокращали до Кирило, Кириша, Кириш. Прибавление суффикса -ко давало значение «маленький Кириш» или, что вероятнее, «сын Кириша». Таким образом, первый носитель фамилии Киришко, скорее всего, был сыном человека по имени Кирилл (в обиходе — Кириш). Имя Кирилл греческого происхождения (kyrios — «господин», «владыка») и в православной традиции принадлежало многим святым, в том числе создателям славянской азбуки Кириллу и Мефодию.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), фамилии на -ко часто фиксировали прозвище или домашнее имя самого человека. В реестрах запорожских казаков, например, встречается множество подобных образований. Поэтому Киришко могло быть не только отчеством, но и прозвищем, данным за какой-то личный признак (например, за сходство с местным Киришей или за привычку так называть себя).

Встречается и менее вероятная, но возможная версия: связь с топонимом. На западе Украины есть село Кириш (Кириші), выходец из которого мог получить прозвище Киришко. Однако имя-основа остается главным объяснением. Фамилия не является редкой: по данным современных поисковиков, наибольшая концентрация носителей Киришко фиксируется в Краснодарском крае, Ростовской области и в центральных областях Украины, что подтверждает её южное происхождение и связь с казачьими территориями.