Фамилия Киришун — редкий случай, когда географический ключ даёт больше, чем привычный разбор по суффиксам. Суффикс -ун в русских фамилиях встречается нечасто, и почти всегда он указывает на прозвище, образованное от глагола: «крикун», «говорун», «плясун». Однако в фамилии Киришун основа — это имя Кириш, а не глагол. Значит, перед нами не характеристика поведения, а патроним, но нестандартный.

Имя Кириш — это производная форма от канонического имени Кирилл (греч. «маленький господин» или «солнышко»). В народной речи Кирилл превращался в Кирилу, Киришу, а уменьшительно-пренебрежительный вариант Кириш как раз и лёг в основу. Суффикс -ун выполняет здесь роль фамильного определителя, аналогичную -ов или -ин: Киришун буквально означает «сын Кириша» или «человек из рода Кириша». Такая модель — имя + -ун — типична для украинской и южнорусской ономастики, особенно для территорий, где -ун конкурировал с -енко и -ук. Поэтому первая версия происхождения — западноукраинская или белорусская, с возможным смещением на юг России.

Есть и вторая, более редкая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Киришун, данного человеку, который постоянно поминал святого Кирилла или был особенно набожен в день этого святого. В таком случае прозвище закрепилось за родом, но эта гипотеза слабее: прозвища на -ун обычно более экспрессивны, а Киришун звучит как патроним, а не как характеристика.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане. Встречается она в основном в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и в приграничных районах Беларуси. В России фамилия редка, единичные носители живут на Кубани и в Ростовской области — следствие миграций конца XIX — начала XX века.

Сравните с однокоренными: Кириллов — стандартный русский патроним, Кириленко — украинский с суффиксом -енко, Киришук — западноукраинский с -ук. Киришун стоит особняком: он показывает, что предков звали не просто «сын Кирилла», а «сын Кириша», то есть в семье использовали именно эту, более короткую форму имени.