Фамилия Киркота — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её звучание и структура указывают на украинские или южнорусские земли, а конкретнее — на Полтавщину или Черниговщину. В основе лежит прозвище, образованное от глагола «киркотати» — в украинских говорах это значит «кряхтеть», «охать», издавать глухие звуки от боли или натуги. Так могли прозвать человека, который часто жаловался на здоровье, или, напротив, того, кто работал с натугой, кряхтя при поднятии тяжестей.

Модель образования проста: основа «киркот-» плюс окончание -а, характерное для украинских фамилий, особенно в форме прозвищ (сравните: Шумейко, Кривонога, Непийпиво). Суффикса -ов или -ин здесь нет, что говорит о позднем закреплении фамилии — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда на Левобережной Украине фиксировали прозвища без дополнительных родовых суффиксов.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: от тюркского слова «кырк» — «сорок». В таком случае Киркота могло означать «сороковина» или быть частью сложного имени. Но для этой гипотезы нет подтверждений в документах, и она не объясняет характерного окончания -ота. Поэтому связь с украинским «киркотати» остаётся основной.

Фамилия редкая: в современных базах данных её носители встречаются в основном в Полтавской и Сумской областях, а также в Краснодарском крае, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Сословно предки Киркоты — скорее всего, казаки или мещане, так как крестьянам фамилии давали позже и чаще с суффиксами. Здесь же мы видим простое прозвище, которое успело закрепиться до реформы 1861 года.