Фамилия Киркора — одна из тех, где за привычным русским ухом звучанием скрывается иноязычный корень. Вопреки возможной догадке о связи с именем Кирилл (через форму Кир), ономасты склоняются к финно-угорской основе. Вероятнее всего, в её основе лежит финское нарицательное kirkko — «церковь». Прозвище Киркора, от которого пошла фамилия, могли дать человеку, чей дом стоял рядом с храмом, либо усердному прихожанину, а то и церковнослужителю. Такая модель образования по месту жительства или роду занятий типична для регионов, где финское население контактировало с русским, — например, на северо-западе России, в Карелии или бывшей Ингерманландии.

Суффикс -а в конце основы (Киркор-а) в русской фамилии необычен: он не является типичным патронимическим (-ов, -ев, -ин). Это подсказывает, что фамилия могла закрепиться в форме, близкой к исходному прозвищу, без добавления стандартного суффикса принадлежности. Такие случаи встречаются среди фамилий, образованных от прозвищ на -а, которые не перешли в разряд типичных «-ин»-фамилий (ср. Сорока, Шуба, но здесь — Киркора).

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от эстонского kirkus — «яркость, прозрачность». В таком случае прозвище могло характеризовать человека, любившего ярко одеваться, либо, напротив, того, кто отличался правдивостью и не умел лгать. Однако эта гипотеза слабее, так как эстонское слово реже ложится в основу прозвищ, чем конкретный и наглядный топографический признак «церковь».

Географическая привязка фамилии Киркора — скорее всего, северо-западные губернии Российской империи, а также территории современной Финляндии и Эстонии, где такие прозвища могли возникнуть в смешанной среде. В русских переписных книгах фамилия встречается нечасто, что подтверждает её локальный характер. Таким образом, предки современных Киркора с высокой долей вероятности жили рядом с киркой — лютеранской церковью, что и закрепилось в их родовом имени.